Die Philosophisch-Naturwissenschaftliche Fakultät ist zentraler Träger der drei universitären Schwerpunkte Life Sciences, Nano- und Quantenwissenschaften und Nachhaltigkeits- und Energieforschung.

Sie zeichnet sich aus durch hohe Forschungs- und Publikationsaktivität, was sich in einer ausserordentlich guten und steigenden Drittmittelquote von über 62% (2016) niederschlägt, in prestigeträchtigen ERC Grants, und in internationaler Attraktivität für Doktoranden und Postdocs. Forschende der Fakultät werden regelmässig durch herausragende Wissenschaftspreise ausgezeichnet (2017: King Faisal International Prize an Daniel Loss, Lasker Award an Mike Hall, Louis-Jeantet Prize an Silvia Arber). Die zwei laufenden NCCRs Molecular Systems Engineering und Quantum Science and Technology, sowie das Swiss Nanoscience Institute fördern Interdisziplinarität zwischen Departementen und nach aussen.